El conflicte bèl·lic va suposar una frenada al projecte i els anys posteriors van portar talls al subministrament elèctric i una manca de material i mà d’obra molt significatius.
La Guerra Civil Espanyola (1936-1939) i els anys posteriors al conflicte bèl·lic van suposar un gran sotrac per al país i la xarxa de metro de Barcelona no va ser ni molt menys aliena als fets. Funcionant com a refugi antiaeri per a les persones i com a magatzem de material militar durant la primera etapa de la guerra, el metro va veure estancada la seva progressió amb el conflicte. Aquest període d'inflexió es va agreujar els anys posteriors amb una manca important de material estructural i un buit en la força de treball a causa de la pràcticament inexistent mà d’obra.
1936-1939 El metro col·lectivitzat i el seu ús com a refugi
Amb l’esclat del cop d’estat el 18 de juliol de 1936 el servei de metro va quedar paralitzat fins que la ciutat va aconseguir repel·lir els primers intents d’alçament militar. A partir d’aquell moment, uns comitès obrers formats principalment per afiliats de la CNT decideixen reprendre l’activitat del servei.
Cal tenir en compte que durant aquella època el metro de Barcelona estava dividit en dues empreses diferents: el Gran Metropolità (Lesseps- Liceu/Coreus) i el Gran Transversal (Santa Eulàlia-Marina).
L’embrió de l’actual L1 (Gran Transversal) comptava amb la particularitat d’haver estat equipada amb un ample de via ibèric i el seu funcionament va ser restablert amb la creació d’un servei de vigilància a les cotxeres i a les subestacions elèctriques per evitar qualsevol mena de sabotatge. Particularment especial va ser el paper que va jugar l’estació d’Espanya, que va fer servir la seva tercera via primer com a cotxera i fossar per la revisió de trens i més endavant com a magatzem de material bèl·lic. Aquest material era introduït pels túnels de l’actual L1 i a la mateixa estació Espanya es traslladava als trens dels actuals Ferrocarrils de la Generalitat, que alhora l’apropava als seus destinataris. Durant el transcurs de la guerra molts homes són mobilitzats al front i les dones comencen a assumir feines abans reservades als homes, com la de motorista o cap de tren. Seria tot un miratge, perquè la discriminació laboral cap a les dones es restabliria amb l’arribada de les tropes franquistes a Barcelona.
El 16 de març de 1937 es van produir els primers bombardejos sobre la ciutat de Barcelona i el servei comença a ressentir-se. Aquesta situació va provocar que les estacions en servei servissin com a refugi per a moltes persones. La por va provocar que alguns ciutadans adoptessin aquesta nova localització com a definitiva arribant a traslladar fins als refugis multitud d’estris personals i instal·lant-se a algunes andanes i vestíbuls amb llits, taules o cadires. La situació va desembocar en un potencial perill per la salut pública fins que les autoritats en cap van decidir frenar aquesta pràctica prohibint i requisant el material traslladat fins les estacions.
Postguerra: integració a RENFE i moltes restriccions
El febrer de 1941 va entrar en vigor la Llei de bases d’ordenació ferroviària que va derogar totes les concessions amb ample de via espanyol, entre elles, les del Transversal. En aquell context, el Ministeri d’obres Públiques va ordenar a la companya que tanqués els llibres de comptabilitat i va disposar un rescat de la concessió per part de l’estat, integrant el sistema a RENFE. Després d’un llarg procés, però, la companyia va poder tornar a fer-se càrrec de l’explotació. A més, les conseqüències polítiques i econòmiques del conflicte van provocar una manca de recursos que van provocar que fins a 1950 només s’obrís una nova estació de metro, la de Ferran, que ampliava modestament la línia Lesseps-Liceu.
En aquesta etapa, comprar nous trens és car, i qualsevol element que no sigui estrictament necessari suposa una despesa prescindible. En són un bon exemple els remolcs de la sèrie S adquirits en aquest temps, fabricats sense revestiment exterior al xassís ni al bastidor. La seva aparença reflecteix perfectament una etapa marcada per la manca de recursos i l’austeritat.
Malgrat totes les dificultats de la postguerra, el metro continua donant servei i augmentant el nombre de viatgers any rere any. Entre 1945 i 1948, el Gran Metro passa de 28 a 37 milions de passatgers anuals, mentre que el Transversal gairebé triplica la seva afluència, passant de 24 a 59 milions.